Sublevación de los Alpujarras.

Los problemas más graves de la Contrarreforma se produjeron por la persecución de los moriscos granadinos, a quienes se les prohibió el uso de su lengua, vestidos y costumbres. Esto desencadenó la sublevación de las Alpujarras (1517)., que se acabó después de tres años de lucha y comportó la dispersión de unos 80.000 moriscos por otras zonas de la Península para evitar que su concentración provocara nuevas rebeliones. Por la gravedad y la intensidad de sus combates también se le conoce como la Guerra de las Alpujarras.
Pedro de Deza, presidente de la Audiencia Granada, emitió un orden y comenzó a hacerla cumplir. En los meses siguientes los moriscos se dispusieron a negociar a través de Jorge de Baeza y Francisco Nñez Buley, sus representantes, quienes defendieron que las tradiciones perseguidas por la norma no eran incompatibles con la doctrina cristiana y que el comercio, principal actividad económica de la población morisca después de la agricultura, se podía ver afectado, con la disminución de ingresos reales. Estos argumentos, que habían funcionado en negociaciones similares en tiempos de Carlos I, no lo hicieron en esta ocasión.
Tras un año de infructuosas negociaciones, la población morisca granadina decidió levantarse en armas en 1568. No recibieron mucho apoyo en la capital, pero la rebelión se extendió rápidamente por la Alpujarra. La rebelicón fue apoyada por algunas ciudades, mientras que otras iban contra ella. La guerra, que comenzó con incursiones y emboscadas, sorprendió a Felipe II con la mayoría de su ejército en los Países Bajos.  Entre los que pelearon contra los moriscos estuvo el escritor Inca Garcilso de la Vega. Los moriscos de Granada que sobrevivieron fueron dispersados hacia otros lugares de la Corona de Castilla, especialmente hacía Andalucía Occidental y Castilla, para evitar otra rebelión. Finalmente en 1609 Felipe III decretó la total Expulsión de los moriscos españoles.